1952年3月,政务院决定重组中央防疫委员会,同年12月,该委员会更名为中央爱国卫生运动委员会,由周恩来总理担任第一任主任,各级、各部门、各单位从上到下均建立爱国卫生运动委员会,组织开展大扫除、清环境、灭蝇、灭蚊、灭鼠等工作。仅1952年半年,即清除垃圾7000余万担,疏通沟渠28万余公里,新建与改造厕所490多万个,改建水井130余万眼。当时,爱国主义和反对帝国主义侵略是推动人民群众参与爱国主义卫生运动的力量源泉。
进入社会主义建设时期后,爱国卫生运动的重点放在“城市、工矿、学校、交通要道,并适当开展农村卫生运动”,讲卫生、除四害和消灭疾病成为其重要任务,对控制或消灭一些曾经带来深重灾难的烈性和急性传染病发挥了积极作用。
20世纪60年代初,国家适时调整了群众卫生工作的策略,提出了“以卫生为光荣,以不卫生为耻辱”的口号,把爱国卫生运动与保护劳动力、提高劳动效率,促进工农业服务紧密联系起来,爱国卫生运动在方法、手段、措施和内容方面有了新的发展,从突击活动为主,转向卫生工作经常化、制度化、规范化。十年动乱期间,爱国卫生运动遭到挫折,但有些地区,两管五改(管水、管粪、改水井、改厕所、改炉灶、改牲畜圈棚、改室内外环境)取得了一定的成效。